Przez większą część swojej kariery Mateusz Zębski grał w drużynie z Ostrowa Wlkp. Z tym zespołem awansował do ekstraklasy. W sezonie 2017/2018 występował w pierwszoligowym Polfarmeksie Kutno, był też zawodnikiem MKS Dąbrowa Górnicza. W poprzednich rozgrywkach grał dla Kinga Szczecin. W 31 rozegranych spotkaniach zdobywał średnio 8,5 punktu, 4,8 zbiórki i 3,3 asysty.
Dla Zębskiego będzie to powrót do Enea Astorii Bydgoszcz. W tym klubie grał w sezonie 2019/20 - pod względem statystycznym były to jego najlepsze rozgrywki w karierze.