Stefański po zakończeniu kariery zawodniczej krótko był dyrektorem w Treflu, odpowiedzialnym za młodzież i współpracę z mediami. W marcu 2019 r. zastąpił jednak na stanowisku pierwszego trenera Fina Jukkę Toijalę. Prowadzony przez niego zespół wygrał z MKS Dąbrowa Górnicza, Polpharmą Starogard Gdański oraz AZS Koszalin - tym samym osiągnął cel, jakim było utrzymanie w Energa Basket Lidze.
Przed sezonem 2019/20 Marcin Stefański dostał szansę budowy autorskiego składu Trefla. Zespół z Sopotu w przerwanym przez epidemię koronawirusa sezonie Energa Basket Ligi zajął ostatecznie 6. miejsce. Wziął również udział w turnieju finałowym Suzuki Pucharu Polski.
W poprzednich rozgrywkach prowadzony przez niego Trefl zajął ostatecznie piąte miejsce po sezonie zasadniczym. W ćwierćfinale ekipa z Sopotu musiała jednak uznać wyższość WKS Śląska Wrocław 1-3. Zespół po raz kolejny wystąpił w Suzuki Pucharze Polski, gdzie awansował do półfinału.
- Długo rozmawialiśmy z Marcinem, dla którego były to pierwsze play-off w karierze w roli trenera. Wiemy, jakie wnioski wyciągnął z przebiegu całego sezonu. Pamiętamy także, iż nasz skład nie był kompletowany pod kątem walki o medale. My również przedstawiliśmy swoje spostrzeżenia i ostatecznie doszliśmy do porozumienia. Wierzymy, że wspólnie uda nam się zbudować zespół, który będzie odzwierciedlał nasze ambicje i w rozgrywkach 2021/2022 postawi krok naprzód - mówi na oficjalnej stronie drużyny Marek Wierzbicki, prezes Trefla Sopot.